柯南一行来到冲绳的一座离岛度假，这里流传着18世纪女海盗“安妮·邦尼”埋藏宝藏的传说。元太在潮池玩耍时捡到一个刻有神秘符号的古朴木盒，里面藏着一张羊皮纸地图。当晚，岛上唯一的博物馆被盗，馆长离奇溺死在浅滩。少年侦探团根据地图在海底洞穴探险时，发现了一艘沉没的帆船残骸，而船上的棺材里没有尸骨，只有一具现代的潜水装备。柯南意识到，凶手正在寻找某样不该存在于这个世上的东西——一个足以改变琉球历史的秘密。
本作回归了早期剧场版的本格推理风格，海底探险场景的作画极其精美。柯南与服部平次的联手破案很有看头，节奏紧凑，最后三十分钟的反转保持了系列一贯的高水准。
大阪南区的传奇高利贷帝王，用金钱与暴力编织出一张吞噬梦想的修罗之网。
被裁员的中年社畜为了挽回尊严，报名参加了一场奖金微薄的地下格斗赛。
痛失爱女的科学家买回仿生人女儿，每次重置都会忘记一切，她需要教她一万次“你好”。
二战时标志性“海报女郎”的原型是一位前线战地护士，而华盛顿却编造了她激励士兵的虚假故事。
在美军基地旁的小镇，一群底层人为了生存，像猪一样肮脏却又倔强地活着。
一队半吊子捉妖人带着一把会误认妖气的古镜闯进港岛老街，结果把一桩旧宅邪案越查越像人心作怪。